투자·일자리 늘어날 때 세액공제는 3.9% 줄어
신성장기술 관련 R&D 및 시설투자 세액공제가 블록체인 등 최근 기술발전과 기업 현실을 반영하지 못해 개선이 필요하다는 주장이 제기됐다.
한국경제연구원(이하 한경연)은 신성장기술 관련 R&D 및 시설투자 세액공제 제도가 비현실적인 공제요건으로 기업현실을 반영하지 못한다는 점을 지적하며 4가지 개선안을 제시했다. △대상기술 포지티브리스트를 네거티브리스트 방식으로 개선 △신성장 전담부서 요건을 프로젝트별로 전환 △국외소재 위탁연구에 대해 예외조항 신설 △신성장 시설투자 요건 완화 등을 제안했다.
신성장 R&D 세액공제 대상기술 범위를 현행 열거식의 포지티브리스트 방식이 아닌 네거티브리스트 방식을 도입하거나, 수시로 신성장 R&D 공제대상 기술의 신규 편입을 허용하는 제도 신설을 제안했다. 신기술 변화 속도에 비해 제도적 수용이 늦다는 이유에서다. 현재는 로봇, 항공우주 등 11개 분야 157개 기술에 대해서만 신성장 R&D 기술로 인정하고 있다.
신성장 R&D 전담부서에 대해서만 공제해주는 현행 요건 또한 현실과 동떨어져 있다. 연구 인력들이 신성장 R&D와 일반 R&D를 병행하는 경우가 많기 때문이다. 한경연은 전담부서가 아닌 신성장 프로젝트별로 R&D 공제를 추진해 병행업무를 허용할 수 있도록 제도를 개선할 것을 제안했다.
또한 한경연은 국내에서 최초로 시도하거나 미진한 분야, 또는 원천기술이 국외에 있는 경우 등 국외 기관에 위탁할 수밖에 없는 경우에 한해 공제대상에 포함할 것을 제안했다. 기술수준이 미미한 분야가 발전하는 데 좋은 토대가 될 수 있다는 이유에서다. 현행 제도는 해외기관에 대해서는 공제가 불가하다.
신성장 R&D를 완료한 뒤 시설투자를 진행해도 어려움은 여전하다다. 신성장 시설투자세액공제율은 5%(대기업 기준)로 다른 시설투자세액공제율에 비해 높은 편이지만, 세액공제 요건을 맞추기가 어려운 현실이다. R&D 비용, 근로자수 유지 등 공제요건을 충족하기는 쉽지가 않기 때문이다.
실제로 신성장 시설투자세액공제에서 요구하는 매출 대비 R&D 비용 5% 이상 요건은 과도한 면이 있는 것으로 분석됐다. 매출 10대 기업의 평균 R&D비율은 2016년도 기준 2.8%이며, 과세표준 2000억 이상 기업은 1.3%에 불과하다. 요건에서 적용하는 세법상 R&D 비용은 회계상 R&D 비용에 비해 인정범위가 좁다. 연구원 인건비, 원재료비, 위탁비용만 인정되는 반면 감가상각비, 퇴직급여, 간접경비는 제외되기 때문이다. 한경연은 전체 R&D에서 신성장 R&D가 차지하는 비중 10% 요건도 2015년도 기준 실적이 3.3%에 불과한 만큼 비율요건을 낮추거나 세법상 신성장 R&D 인정비용의 범위 확대를 통해 제도를 현실화 할 수 있다고 제안했다.
신성장 R&D 세액공제를 받은 경우, 2년간 전체 근로자 수를 유지해야 한다는 요건에 대해서도 청년 근로자수나 신성장 사업부문의 근로자수로 대체가 필요하다는 의견이다.
우리 기업의 R&D투자액과 연구원 수는 증가한 반면에 R&D 투자공제율은 줄어든 것으로 나타났다. 최근 4년간 R&D투자액은 25.5%, 연구원 수는 16.4% 증가한 반면 R&D 투자공제율은 △3.9% 만큼 감소했다. 이는 수년간 지속된 R&D세액공제 축소의 영향으로 해석된다.
