개발비·시설투자 최대 45% 공제
올해부터 ‘연구·인력개발비(R&D) 세액공제’의 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행된다. 신성장동력과 관련된 연구개발비는 시설투자 비용까지 포함해 최대 45%가 세액 공제된다.
‘연구·인력개발비 세액공제’는 과학적 진전, 새로운 서비스의 개발, 임직원의 교육 등을 위해 연구소를 운영하거나 다른 기관과 공동연구하면서 인건비와 재료비 등을 지출한 경우 당해 과세연도의 법인세(소득세)에서 공제 대상 금액을 차감하는 조세지원 제도다.
그동안 연구·인력개발비 세액공제는 기업 입장에서 조세 절감 효과가 큰 반면, 세액공제 해당여부나 공제 가능 금액에 대해서는 과세관청과 납세자 간 이견이 많은 항목 중 하나였다.
이로 인해 추후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못된 것으로 확인되면, 수년간 공제받은 금액에 가산세까지 포함해 추징되는 사례가 발생해 납세자에게 큰 부담이 돼 왔다.
국세청은 이를 완화하기 위해 1월 1일부터 납세자가 신청하는 경우 연구·인력개발비 세액공제 적정 여부를 사전에 확인해주는 제도를 시행키로 했다.
연구·인력개발비 세액공제 사전심사를 받고자 하는 내국법인과 거주자는 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 홈택스‧우편‧방문접수를 통해 신청 가능하며, 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정비용에 대해서도 사전심사를 신청할 수 있다.
의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며 사전심사를 거치지 않더라도 종전과 같이 납세자의 판단에 의해 세액공제 대상으로 신고도 가능하다. 세액공제를 이미 신청한 사항, 보완요구에 대해 보완하지 않은 사항, 정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우는 심사에서 제외된다.
아울러 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 신청 가능하지만 법인세(소득세) 신고 시 연구·인력개발비 세액공제를 누락한 부분이 있어도 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 가능하다.
연구·인력개발비는 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’와 ‘일반 연구·인력개발비’로 구분된다. 특히 조세특례제한법 시행령이 규정한 11개 분야 173개 기술에 대한 ‘신성장동력·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사하며, 당기 지출한 개발비의 최대 40%와 당기에 지출한 시설투자 금액 5%에 대해 세액공제 된다.
신성장동력·원천기술에 해당하지 않는 일반 연구·인력개발비는 당기에 지출한 개발의 최대 25% 혹은 전년 대비 증가한 개발비의 최대 50% 중 선택해 세액를 공제를 받을 수 있다.
국세청은 ‘신청인이 수행한 연구·인력개발 활동이 세법에서 규정한 연구·인력개발의 요건에 맞는지’, ‘지출한 비용이 세액공제를 적용받을 수 있는지’ 여부를 검토한다. 서면심사를 원칙으로 진행한다. 다만 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구 또는 현장확인이 진행될 수 있다.
한편 국세청은 이 제도를 통해 연구·인력개발비 세액공제 가능 여부에 대한 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화해 신청한 기업들이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 적극적으로 지원할 예정이다.
