[정보통신신문=김연균기자]

국세청이 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 대상 여부의 불확실성을 해소하고 기업이 연구·인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하는 ‘사전심사 제도’의 신청을 받는다.

신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영해 법인·소득세를 신고한 경우 사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되는 등 혜택이 주어진다. 또한 세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.

올해부터는 제출서류를 간소화하고 연구노트 작성방법을 국세청 누리집에 게재해 편리하게 신청할 수 있다. 또한 기업이 결산을 마감하기 전이라도 지출 예정 비용 또는 여러 가지 연구과제 중 특정한 과제만 선별해 사전심사를 신청할 수도 있으며, 2월에 미리 신청하면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있다.

‘연구·인력개발비 세액공제’는 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비로 지출한 금액에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도다.

신청은 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있다. 신청기한은 법인·소득세 신고 전까지 신청할 수 있고, 신고시 연구·인력개발비 세액공제 신청을 누락한 부분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청할 수 있다.

연구·인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다. 그러나 △세액공제를 이미 신청한 사항 △보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항 △정당한 사유 없이 답변·자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외될 수 있다.

국세청은 사전심사를 신청한 연구·인력개발비에 대해 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토하고, 기술검토는 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발에 해당하는지 여부를 본다.

비용검토는 신청인이 연구·인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부를 살펴보며, 연구·인력개발비의 종류와 기업의 규모 등에 따라 심사 담당 관할을 구분하여 심사를 한다.

기술검토는 신성장·원천기술과 국가전략기술은 한국산업기술진흥원, 일반 연구·인력개발비는 국세청이 각각 담당하고, 비용검토는 국세청이 모두 담당한다.

기업규모별로 구분해 중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다.

신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 진행한다. 제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

심사 담당자는 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구·인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공한다. 심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한하여 재심사를 청구할 수 있다.

한편 올해는 신청서 작성과 증빙자료 제출의 어려움을 해소하고 신속한 심사를 위해 신청서 서식을 개정하고 사전심사에 꼭 필요한 서류만 제출하도록 간소화했다.

그 동안 사전심사를 진행하면서 업무 담당자별로 요구하는 증빙서류가 다르고, 범위도 너무 많다는 의견을 반영해 ‘공제대상 연구·인력개발비임을 증명하는 서류’는 사전심사에 필요한 서류로 한정해 명확하게 했다.

2020년 1월 1일부터 연구노트 등 작성·보관이 의무화됨에 따라 연구노트 작성사례와 그 동안 수행한 사전심사를 토대로 세액공제 인정·불인정 사례를 국세청 누리집에 게재했다.

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