보건의료산업협동조합과 건강사회를위한치과의사회, 민중의료연합, 보건복지민중연대 등 의료관련단체들과 시민단체들은 이 사업에서 개인정보유출의 위험과 그 실효성에 대한 의문을 제기하면서 반발하고 있다. 또한 이 제도에 개인의 병력사항 및 투약내역 등의 개인정보와 본인확인을 위한 전자지문감식 등이 포함돼 있어 사실상 그 기능이 과거 국민들의 반발로 인해 시행이 좌절되었던 전자주민카드보다 더 강력한 주민통제기능을 가지게 될 것이라는 주장이 일고 있다.
이들은 전자건강보험증에 삽입되는 IC카드라 할지라도 해킹이 가능해 개인정보의 유출이 우려될 수 있으며 신용카드기능까지 포함되면 그 피해는 더 커질 것이라는 목소리다.
또 대금결제를 위해서는 신용카드회사에 진료 및 투약내역이 전송돼야 하기 때문에 이들 정보의 유출도 우려된다고 밝혔다.
아울러 진료내역서를 작성하고 입력하는 과정에서 얼마든지 부당·허위청구가 가능하고 병원과 약국의 담합을 통해 이뤄지는 경우에도 아무런 효과를 볼 수 없다며 그 실효성에 의문을 제기하고 있다.
이외에도 정부는 이 사업의 시행을 전액 민자유치로 진행한다는 방침이어서 카드의 발급 및 재발급, 수수료, 신용카드연회비 등의 제 비용을 고스란히 국민들이 부담하게돼 사실상 의료비를 인상시키는 꼴이 될 수밖에 없다고 지적하고 있다.
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